La majoritatea ciupercilor intalnim o respiratie aeroba (necesita prezenta continua a oxigenului la concentratia din atmosfera), dar exista si specii facultativ anaerobe (levurile sau mai cunoscute sub numele de drojdii) sau anaerobe (in rumenul rumegatoarelor).
Fiind specii eucariote respiratiratia are loc la nivelul unor organite celulare numite mitocondrii.
